Sejarah Badan Pengelola Keuangan dan Aset (BPKA) Daerah Istimewa Yogyakarta diawali dengan adanya Peraturan Daerah (Perda) Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 2 Tahun 2004 Tanggal 5 Februari 2004 tentang Pembentukan dan Organisasi Dinas Teknis Daerah di Lingkungan DIY yang mendasari terbentuknya Badan Pengelolaan Keuangan Daerah (BPKD) Daerah Istimewa Yogyakarta.
Pada Tahun 2008 dengan disahkan Perda Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 6 Tahun 2008 Tanggal 15 Agustus 2008 tentang Pembentukan dan Organisasi Dinas Teknis Daerah di Lingkungan DIY dan Peraturan Gubernur Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 42 Tahun 2008 tentang Rincian Tugas dan Fungsi Dinas dan Unit Pelaksana Teknis pada Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan Dan Aset (DPPKA) DIY, maka Badan Pengelolaan Keuangan Daerah (BPKD) Daerah Istimewa Yogyakarta berubah menjadi Dinas Pendapatan Pengelolaan Keuangan dan Aset (DPPKA) Daerah Istimewa Yogyakarta.
Pada tahun 2015 disahkan Peraturan Daerah Istimewa DIY Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 3 Tertanggal 17 Juni 2015 tentang kelembagaan dan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 61 Tahun 2015 tentang rincian tugas dan fungsi Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset (DPPKA) DIY. Kemudian pada tahun 2015 disahkan Peraturan Gubernur Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 102 Tahun 2015 tentang pembentukan, susunan organisasi, uraian tugas dan fungsi serta tatakerja unit pelaksana teknis daerah (UPTD DIY) pada Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset (DPPKA) DIY.
Pada tahun 2018 disahkan Peraturan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta. Menurut Pasal 11 huruf (b) Peraturan Daerah Istimewa (Perdais) DIY Nomor 1 Tahun 2018 tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta, Badan Pengelola Keuangan dan Aset mempunyai tugas menyelenggarakan fungsi penunjang urusan pemerintahan bidang pendapatan pengelolaan keuangan dan aset. Ketentuan pada Perdais tersebut dijabarkan lebih lanjut dalam Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 123 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Badan Pengelola Keuangan dan Aset